伊祖武芸館は沖縄伝統空手・古武道を指導している。空手は首里手系の小林流を指導している。小林流は1933年知花朝信によって創立された。小林流は松村宗棍から糸洲安恒・知花朝信へと受け継がれてきた伝統空手である。知花師は1948年沖縄小林流空手道協会を設立した。その伝統は今に引き継がれ、伊祖武芸館も小林流を指導している。
また、琉球古武道も沖縄空手の一部とみなし、棒術・サイ術を中心に指導している。